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不要hap Iov iew在线生成的那种,这个我也会谁能发个从exceI--------textped到input的图呢我做过一些病例对照研究,下面的截图是基本的输入格式,你可以参照一下我做过一些病例对照研究,下面的截图是基本的输入格式,你可以参照一下从excel转换成text文本我做过一些病例对照研究,下面的截图是基本的输入格式,你可以参照一下:我做过一些病例对照研究,下面的截图是基本的输入格式,你可以参照一下:你可以参照一下:我做过一些病例对照研究,下面的截图是基本的输入格式,缺失的基因型怎么表示,没缺失的怎么表示Haploview需要导入数据的格式(I inkage格式)Haploview的第一^主界面的linkage格式需要输入两个文件,点击左侧的Linkage Fofmat就会看到有两个导入文件的地方,一^是Data File,另一个是Locus InformationFi le下面详细的介绍一下这两个数据的o格式,我们以Haploview自带的数据文件为例在haploview安装的目录下(普通为C:\Program FiIes\HapIoView)有两个数据文件⑴
(2)o具体就是Data File处导入文件,LocusInformation File处导入数据固然两个文件的扩展名你可以自己随意的起,Haploview有一个默认关联,即如果你的两文件主要名称一样(比如chrom),扩展名分别为ped和info,则只要导入ped文件,haploview会自动导入info文件下面以和为例介绍一下Data FiIe和Locus Information File需要输入文件格式
一、Data File需输入文件格式文件部份内容3IBD05443000101IBD0544124304311211IBD0544310020333IBD05843800103331IBD058470438444233IBD05844400203133IBD06954300103133IBD0695165435131313IBD06951300203143IBD076573001010IBD0765655735741031IBD07657400200031IBD092101100103131IBD0926391011641123331Data File处应当导入的文件格式同显示的一样,下面列出文件在这个文件中,每一行代表一个样本个体,前六列是表头,从第七列开始每2列代表一个SNP位点(固然这个SNP位点叫什么,在那条染色体上,Haploview用另一个文件给出,比如这个文件对应的SNP描述的信息在中)有多少个位点后面就是位点数的2倍的列数文件的总列数为总列数=6+2*位点数下面具体解释一下每一列第一列代表的是家系的ID,如果你做的是家系的研究,那末你的数据家系的编号应该放到第一位如果你分析的是无关个体,则第一列不能用同一个ID,建议用自然序号1,2,3…来替代・第二列表示个体的ID,就是你研究的所有个体的编号在同一个家系内不可以重复,不同的家系间可以重复如果做无关个体的研究则每个个体的编号不能重复第三列和第四列代表同第二列个体之间的家系关系,第三列代表父亲的ID,第四列代表母亲的ID,如果个体的父亲、母亲中某一个没有测到样本的话,则标记为0,如果你做无关个体的研究,则第三列,第四列都赋值为0o例一个核心家系的数据,来自于文件的前三行IBD0544300010133141IBD05441243043122131341IBD0544310020333311表示家系编号为IBD054,这个家系中有三个个体430,412,和431第一个o个体430的父亲的信息没有检测到,所以第一行第三列用0表示,他的母亲的信息也没测到,所以第一行第四列用0表示第二个个体412的父亲为430,母亲为431,所以第二行第三列为430,第二行第四列为431o.第三个个体431的父亲的信息没有检测到,所以第三行第三列用0表示,他的母亲的信息也没测到,所以第三行第四列用0列小第五列表示对应第二列个体的性别信息1代表男性,2代表女性第六列表示第二列个体的患病状态0表示疾病状态未知;1表示个体未患病,2代表个体患病第七列以后,每两列代表一个SNP位点(由于是二倍体,所以同一个位置有两个值),1代表碱基A;2代表碱基C;3代表碱基G;4代表碱基To缺失数据用0表示固然你也不用这个编码,可以自己任意的定义(比如每一个位点都是二态的,就可以用1,2分别代表该位点的2个等位,但需要用额外的文件记录好你每一个位点1代表什么,2代表什么)实例详解IBD0544300010133141IBD05441243043122131341IBD0544310020333311总的来说,以上面三行数据为例,第一行表示,个体430是IBD054中的一个个体,父亲未知,母亲未知,是个男性,疾病状态未知,第一个SNP位点的两个等位为1,3(也可以写为3,1);第二个SNP位点的两个等位为3,1(也可以写为1,3);第三个SNP位点的两个等位为4,1(也可以写为1,4)第二行表示,个体412是IBD054中的一个个体,父亲是439,母亲是431,是个女性,疾病状态为患病个体,第一个SNP位点的两个等位为1,3;第二个SNP位点的两个等位为1,3;第三个SNP位点的两个等位为4,
1.这样,就得到了每一个个体的详细的SNP等位的信息但是我们仍然不知道每一个SNP位点在染色体的什么位置,这就需要此外一个专门描述信息的文件,也就是Locus InformationFile需要输入文件格式
二、Locus InformationFile需要输入文件格式列出文件274044IGR1118a1LocusInformatio274541nFile处应286593当导入的文287261件格式同显299755示的一样,324341下面324379IGR1119a_1358048IGR1143a_1IGR1144a_1IGR1169a_2IGR1218a_2IGR1219a_2IGR1286a1TSC0101718366811IGR1373a_1395079这个文件包含两列,第一列为SNP的名字,第二列为SNP的物理位置(bp)不少情况下我们使用的SNP的名字为dbSNP中的名字,是用rs#表示的因此第一列不少情况下rs开头的名称第二列普通都是从小到大的这个文件的行数必须和文件中的第七列以后的SNP数目相同,并且一一对应,千万不能错下面再展示一个以rs开头的文件rs274044rs5274541rs286593rs5287261rs4299755rs45324341rs55324379有了这两个文件,我们就可以知道每一个个体的,家系情况,性别,患病情况,测量了那些SNP位点(SNP名和染色体上的物理位置)还有每个SNP位置的同源染色提上的2个等位的详细信息可以利用这些基本的信息进行后续的分析第1步,制备基因型的文档,我用的是EXCEL,如图,从左至右挨次为ped的ree/samplename,i ndi vi duaI ID,Fathers ID,Mothers ID,sex(M=1,F=2),Affect ionstatus(0=UNKN0WN,^UNAFFECTED,2=AFFECTED).然后是每一个SNP的基因型....第2步由于软件无法识别ATCG,需要将其转化一下,普通为:八二1,02飞=3/=11=2,分别为insertion anddeletion.直接CTRL+H就行了.无基因型的以
(00)表示,注意,两数字中间有一个空格.(以上的版本可以识别ATCG滴,不需要分成2列吗)第3步,制备样品LOCUS的位置文档.也就是以第一个SNP为1,第2个SNP与第1个相差N个bp,N=两个SNP的position之差.制备成如下的表格.(post ion可以用BLAST得到其物理地址)此图A列为SNP_ID,B列为相对位置.(注意惟独2歹IJ,一个为SNP,一个为locus)然后将制备好的表格另存为.txt.注意:两文档必须是一一对应的,也就是SNP的数目要一致.然后分别上传.第一个文档至DATA FILE..完成,你不光会得到图,还会得到其它信息.你也可以根据一些设置调整图的算法或者色采.以下是一些步骤图片第一步示意图(不要表头的)第二步示意图(版本滴就不需要转换了)第三步示意图惟独歹这个的可以用相对距离,也可以用绝对距离2IJ,SNP locus第四步示意图第五步示意图看到有朋友发了利用HAPMAP制备HAPLOVIEW分析.我顺便发一下,如何利用试验获得的数据制备HAPLOVIEW,请大家讨论.第1步,制备基因型的文档,我用的是EXCEL,如图,从左至右挨次为:pedigree/sample name,individualID,Fathers ID,Mothers ID,sex M=1,F=2,Affect ionstatus O二UNKNOWN,1二UNAFFECTED,2二AFFECTED.然后是每一个SNP的基因型....draco603投票14收藏146回帖85浏览7675向左向右常驻站友推荐帖prevnext3【求助】什么叫基因单倍型,如何分析是不是太弱了积分【求助】hap Iov iew数据输入【资源】SNP单体型分析软件PHASE和fastPHASE免费下载地址26【求助】如何将实验中所得的SNP数据用Haploview进行分析,日【求助】关于挑选tag snps和分析单体型前先做LD分析的困惑c£E【求助】求助高手指点hap Iov iew结果分析45【求助】分别使用SHEsis和haploview分别单体型结果怎么不一致【求助】haploview单倍型分析后怎么做case-control粉丝【求助】hap Iov iew和hapstat分析单倍型的疑惑【求助】关于haploview LD结果的问题draco603edited on2022-11-2402:17举报draco603常驻站友2022-11-2402:02回复【资源分享】图解用试验数据进二34\!积分———1消息引用分享2楼26第2步:由于软件无法识别ATCG,需要将其转化一下,普通,日诙为:A=1,C=2,G=3,T=
4.信示:1=1,D=2,分别为insertion anddeletion.45直接CTRL+H就行了.无基因型的以00表示,注意,两数字中间有一个空格.粉丝查看原图加关注投票2收藏4举报draco603承德医学院真火了•常驻站友回复【资源分享】图解用试验数据进_3II积分2022-11-2402:05-------------------------------------1消息引用分享263楼,日诙第3步,制备样品LOCUS的位置文档.侍示也就是以第一个SNP为1,第2个SNP与第1个相差N个bp,N二两个SNP的position之差.制备成如下45的表格.postion可以用BLAST得到其物理地址)粉丝此图A列为SNP_ID,B列为相对位置.加关注投票1收藏2draco603ed ited on2022-11-2402:13举报draco603常驻站友回复【资源分享】图解用试验数据进32022-11-2402:08消息引用积分分享4楼然后将制备好的表格另存为.txt.注意:两文档必须是一一对应的,也就是SNP的数目要一致.然后分别上传.第一个文档至DATA FILE...查看原图投票+收藏2举报JXFSTPRP-24高通量多样品快速研磨仪/珠磨仪回复【资源分享】图解用试验数据进_2022-11-2402:10」消息引用分享5楼完成,你不光会得到图,还会得到其它信息.你也可以根据一些设置调整图的算法或者色采.26,日s彳号示45粉丝加关注。