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转录组分析刘志强欢迎来到本次转录组分析课程本课将介绍流程,差异表达基因分PPT NGS析,常用生物信息学工具以及实战案例什么是转录组分析?定义研究特定生物在特定生理或环境因素下基因转录特征及相应功能的高通量测定技术优势快速、精准地检测同源物种或不同生长阶段等基因变迁对生物体的影响,有效开启生命科学的新篇章应用从基因水平探究个体之间的差异基础上,研究不同性状和类型的生物,如叶绿体结构研究、肿瘤标志物筛选、量子点荧光成像等诸多方面流程NGS建库测序目的提取,随机断裂,加入接头目的单端双端测序DNA/分析目的对测序结果进行过滤、比对、注释、可视化等处理数据预处理1Quality control进行质控,去除低质量的reads2Trimming去除接头、重复序列等,获得更加准确的reads3Mapping将去除接头后的比对到参考基因组上reads4Normalization处理样本间的技术变异差异表达基因分析Microarray RNA-seq依据已知基因的表达探针,比较两组的相对将逆转录为,基于高通量测序的原理,RNA RNAcDNA水平,定位差异表达的基因对差异基因进行定量测定分析生物信息学工具CLC GenomicsDAVID CufflinksWorkbench功能富集分析工具,可以发将比对到参RNA-seq reads掘转录本对应蛋白质的活性,考基因组上,来确定转录物提供高质量的测序数据分析,找出分子通路和发挥作用的的表达量以及剪接等包括碱基质量控制、去除接基因头、去除低质量等功能reads实战案例讲解研究目的1探究不同物种间基因表达谱差异,研究三叶草逆境生理样本处理与筛选2将受逆境和正常处理的样本分别测序,去除低质量和含有芯片污染的reads分析结果3在大量生物学信息学工具的协调帮助下,鉴定了一批重要的逆境反应基因和分子标志物总结转录组分析是一种研究组织或细胞基因转录特征的技术本课程介绍了流程、数据预处理、差异表达基因分析、常用生物信息学NGS工具以及实战案例等内容希望本课程可以带给大家更多关于生命科学的信仰和启示。